1.大陆居民可按需单独申领往来台湾通行证。 2.大陆居民同时申请往来台湾通行证和签注，或者持有效往来台湾通行证单独申请签注的，依据不同事由须具备条件： （1）团队旅游：参加国家旅游局指定的有经营赴台游业务资质的旅行社组织的赴台湾团队旅游； （2）个人旅游：开放赴台湾个人旅游城市的常住户口居民，或者符合公安部出入境管理局规定条件的非常住户口居民，申请赴台湾个人旅游； （3）探亲：探望在台湾定居、长期居住、就业、就学的亲属；尚未取得台湾居民身份的大陆配偶赴台团聚、居留； （4）定居：经台湾主管部门批准取得在台定居资格的大陆居民，申请赴台湾定居； （5）应邀：经台办批准前往台湾从事科技、文化、体育、学术等交流活动，或者参加两岸事务性商谈、采访； （6）商务：经台办批准前往台湾进行考察、会议、谈判、履约、培训等商务活动，参加或参观展览等经贸交流活动； （7）学习：在教育部批准开放大陆学生赴台学习的省份参加本年度普通高校招生全国统一考试的高中毕业生，或在上述开放赴台就学省份且毕业于台湾主管部门承认学历的大陆高校的应届本科或硕士毕业生； （8）乘务：执行海峡两岸航运任务； （9）：前往台湾就医、访友、处理财产、奔丧、诉讼、从事渔业劳务等事务。 3.往来台湾通行证持证人具有下列情形之一的，可以申请换发往来台湾通行证： （1）往来台湾通行证有效期不足6个月，或者短于拟申请签注有效期的； （2）持证人身份信息发生变更的； （3）持本式往来台湾通行证换发电子往来台湾通行证的； （4）确需换发的情形。 4.大陆居民往来台湾通行证损毁、遗失、被盗抢或者有需要补发情形的，可以申请补发往来台湾通行证。
往来台湾通行证与港澳证的最大的区别是往来台湾通行证必须参加有资质旅行社报团。